Das so genannte Stolpe-Leuenberger-Protokoll (auch Bonner Protokoll) wurde am 26. Juni 2003 vom deutschen Bundesminister für Verkehr Manfred Stolpe und dem Schweizer UVEK-Vorsteher Moritz Leuenberger in Bonn unterzeichnet und umfasst folgenden Inhalt:
Bundesrat Moritz Leuenberger und Bundesminister Dr. Manfred Stolpe stellen betreffend Fragen der Anwendung der 1. Änderungsverordnung zur 213. DVO zur LuftVO im Zusammenhang mit den An-/Abflügen zum/vom Flughafen Zürich, vorbehaltlich der bei den deutschen Gerichten und den Europäischen Organen abschliessenden Entscheidungen zur 213. DVO, unbeschadet der weiteren Regelungen der Bundesrepublik Deutschland zur Minderung der Fluglärmbelastung in der süddeutschen Grenzregion, Folgendes fest:
Die Bundesrepublik Deutschland und die Schweizerische Eidgenossenschaft werden ein abgestimmtes Konzept für die Organisation der Flugsicherung im Grenzbereich mit den erforderlichen rechtlichen Grundlagen entwickeln und umsetzen, das die Sicherheit im Flugverkehr garantiert, einen technisch einwandfreien Verkehrsfluss ermöglicht und die europäischen Entwicklungen einbezieht. Unabhängig von dem noch zu entwickelnden Konzept ist eine Beteiligung der Bundesrepublik Deutschland bei Entscheidungs- und Verfahrensabläufen sicherzustellen.
Inhaltlich wurde das Protokoll mit der Unique (Flughafen Zürich AG) und der Swiss International Air Lines (SWISS) koordiniert.